********> bugfix.76 Author: Wendy Cornell Date: 10/11/96 Programs: Cornell et al. force field: N-terminal amino acid charges Severity: Moderate Problem: Charges for Weiner et al. were used in some N-terminal residues in Cornell et al. Affects: Proteins with N-terminal THR, ARG, HIP, LYS. Fix: Make the following change to all_aminont94.in or get the corrected version from the web: http://www.amber.ucsf.edu/amber/ff/94/all_aminont94.in and 'make db94.dat'; for Leap, 'cd amber41/leap/lib', 'rm all_aminont94.lib' 'tleap' '> source ff94.cmd' 'cp all_aminont94.lib $LEAPROOT/lib'. ---------------------------------------------------------------------- *** OLD all_aminont94.in --- NEW all_aminont94.in *************** *** 81,102 1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000 2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000 3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000 ! 4 N N3 M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.26300 ! 5 H1 H E 4 3 2 1.010 130.000 0.000 0.31200 ! 6 H2 H E 4 3 2 1.010 60.000 90.000 0.31200 ! 7 H3 H E 4 3 2 1.010 60.000 -90.000 0.31200 ! 8 CA CT M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.15100 ! 9 HA HP E 8 4 3 1.090 109.500 300.000 0.04800 ! 10 CB CT 3 8 4 3 1.525 111.100 60.000 0.17000 ! 11 HB H1 E 10 8 4 1.090 109.500 180.000 0.08200 ! 12 CG2 CT 3 10 8 4 1.525 109.470 300.000 -0.19100 ! 13 HG21 HC E 12 10 8 1.090 109.500 60.000 0.06500 ! 14 HG22 HC E 12 10 8 1.090 109.500 180.000 0.06500 ! 15 HG23 HC E 12 10 8 1.090 109.500 300.000 0.06500 ! 16 OG1 OH S 10 8 4 1.430 109.470 60.000 -0.55000 ! 17 HG1 HO E 16 10 8 0.960 109.470 180.000 0.31000 ! 18 C C M 8 4 3 1.522 111.100 180.000 0.61600 ! 19 O O E 18 8 4 1.229 120.500 0.000 -0.50400 IMPROPER CA +M C O --- 81,102 ----- 1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000 2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000 3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000 ! 4 N N3 M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 0.18120 ! 5 H1 H E 4 3 2 1.010 130.000 0.000 0.19340 ! 6 H2 H E 4 3 2 1.010 60.000 90.000 0.19340 ! 7 H3 H E 4 3 2 1.010 60.000 -90.000 0.19340 ! 8 CA CT M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.00340 ! 9 HA HP E 8 4 3 1.090 109.500 300.000 0.10870 ! 10 CB CT 3 8 4 3 1.525 111.100 60.000 0.45140 ! 11 HB H1 E 10 8 4 1.090 109.500 180.000 -0.03230 ! 12 CG2 CT 3 10 8 4 1.525 109.470 300.000 -0.25540 ! 13 HG21 HC E 12 10 8 1.090 109.500 60.000 0.06270 ! 14 HG22 HC E 12 10 8 1.090 109.500 180.000 0.06270 ! 15 HG23 HC E 12 10 8 1.090 109.500 300.000 0.06270 ! 16 OG1 OH S 10 8 4 1.430 109.470 60.000 -0.67640 ! 17 HG1 HO E 16 10 8 0.960 109.470 180.000 0.40700 ! 18 C C M 8 4 3 1.522 111.100 180.000 0.61630 ! 19 O O E 18 8 4 1.229 120.500 0.000 -0.57220 IMPROPER CA +M C O *************** *** 274,305 1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000 2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000 3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000 ! 4 N N3 M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.26300 ! 5 H1 H E 4 3 2 1.010 130.000 0.000 0.31200 ! 6 H2 H E 4 3 2 1.010 60.000 90.000 0.31200 ! 7 H3 H E 4 3 2 1.010 60.000 -90.000 0.31200 ! 8 CA CT M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.15100 ! 9 HA HP E 8 4 3 1.090 109.500 300.000 0.04800 ! 10 CB CT 3 8 4 3 1.525 111.100 60.000 -0.08000 ! 11 HB2 HC E 10 8 4 1.090 109.500 300.000 0.05600 ! 12 HB3 HC E 10 8 4 1.090 109.500 60.000 0.05600 ! 13 CG CT 3 10 8 4 1.525 109.470 180.000 -0.10300 ! 14 HG2 HC E 13 10 8 1.090 109.500 300.000 0.07400 ! 15 HG3 HC E 13 10 8 1.090 109.500 60.000 0.07400 ! 16 CD CT 3 13 10 8 1.525 109.470 180.000 -0.22800 ! 17 HD2 H1 E 16 13 10 1.090 109.500 300.000 0.13300 ! 18 HD3 H1 E 16 13 10 1.090 109.500 60.000 0.13300 ! 19 NE N2 B 16 13 10 1.480 111.000 180.000 -0.32400 ! 20 HE H E 19 16 13 1.010 118.500 0.000 0.26900 ! 21 CZ CA B 19 16 13 1.330 123.000 180.000 0.76000 ! 22 NH1 N2 B 21 19 16 1.330 122.000 0.000 -0.62400 ! 23 HH11 H E 22 21 19 1.010 119.800 0.000 0.36100 ! 24 HH12 H E 22 21 19 1.010 119.800 180.000 0.36100 ! 25 NH2 N2 B 21 19 16 1.330 118.000 180.000 -0.62400 ! 26 HH21 H E 25 21 19 1.010 119.800 0.000 0.36100 ! 27 HH22 H E 25 21 19 1.010 119.800 180.000 0.36100 ! 28 C C M 8 4 3 1.522 111.100 180.000 0.61600 ! 29 O O E 28 8 4 1.229 120.500 0.000 -0.50400 IMPROPER CA +M C O --- 274,305 ----- 1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000 2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000 3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000 ! 4 N N3 M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 0.13050 ! 5 H1 H E 4 3 2 1.010 130.000 0.000 0.20830 ! 6 H2 H E 4 3 2 1.010 60.000 90.000 0.20830 ! 7 H3 H E 4 3 2 1.010 60.000 -90.000 0.20830 ! 8 CA CT M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 -0.02230 ! 9 HA HP E 8 4 3 1.090 109.500 300.000 0.12420 ! 10 CB CT 3 8 4 3 1.525 111.100 60.000 -0.01180 ! 11 HB2 HC E 10 8 4 1.090 109.500 300.000 0.02260 ! 12 HB3 HC E 10 8 4 1.090 109.500 60.000 0.02260 ! 13 CG CT 3 10 8 4 1.525 109.470 180.000 0.02360 ! 14 HG2 HC E 13 10 8 1.090 109.500 300.000 0.03090 ! 15 HG3 HC E 13 10 8 1.090 109.500 60.000 0.03090 ! 16 CD CT 3 13 10 8 1.525 109.470 180.000 0.09350 ! 17 HD2 H1 E 16 13 10 1.090 109.500 300.000 0.05270 ! 18 HD3 H1 E 16 13 10 1.090 109.500 60.000 0.05270 ! 19 NE N2 B 16 13 10 1.480 111.000 180.000 -0.56500 ! 20 HE H E 19 16 13 1.010 118.500 0.000 0.35920 ! 21 CZ CA B 19 16 13 1.330 123.000 180.000 0.82810 ! 22 NH1 N2 B 21 19 16 1.330 122.000 0.000 -0.86930 ! 23 HH11 H E 22 21 19 1.010 119.800 0.000 0.44940 ! 24 HH12 H E 22 21 19 1.010 119.800 180.000 0.44940 ! 25 NH2 N2 B 21 19 16 1.330 118.000 180.000 -0.86930 ! 26 HH21 H E 25 21 19 1.010 119.800 0.000 0.44940 ! 27 HH22 H E 25 21 19 1.010 119.800 180.000 0.44940 ! 28 C C M 8 4 3 1.522 111.100 180.000 0.72140 ! 29 O O E 28 8 4 1.229 120.500 0.000 -0.60130 IMPROPER CA +M C O *************** *** 395,420 1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000 2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000 3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000 ! 4 N N3 M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.26300 ! 5 H1 H E 4 3 2 1.010 130.000 0.000 0.31200 ! 6 H2 H E 4 3 2 1.010 60.000 90.000 0.31200 ! 7 H3 H E 4 3 2 1.010 60.000 -90.000 0.31200 ! 8 CA CT M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.15100 ! 9 HA HP E 8 4 3 1.090 109.500 300.000 0.04800 ! 10 CB CT 3 8 4 3 1.525 111.100 60.000 -0.09800 ! 11 HB2 HC E 10 8 4 1.090 109.500 300.000 0.08600 ! 12 HB3 HC E 10 8 4 1.090 109.500 60.000 0.08600 ! 13 CG CC S 10 8 4 1.510 115.000 180.000 0.05800 ! 14 ND1 NA B 13 10 8 1.390 122.000 180.000 -0.05800 ! 15 HD1 H E 14 13 10 1.010 126.000 0.000 0.30600 ! 16 CE1 CR B 14 13 10 1.320 108.000 180.000 0.11400 ! 17 HE1 H5 E 16 14 13 1.090 120.000 180.000 0.15800 ! 18 NE2 NA B 16 14 13 1.310 109.000 0.000 -0.05800 ! 19 HE2 H E 18 16 14 1.010 125.000 180.000 0.30600 ! 20 CD2 CW S 18 16 14 1.360 110.000 0.000 -0.03700 ! 21 HD2 H4 E 20 18 16 1.090 120.000 180.000 0.15300 ! 22 C C M 8 4 3 1.522 111.100 180.000 0.61600 ! 23 O O E 22 8 4 1.229 120.500 0.000 -0.50400 LOOP CG CD2 --- 395,420 ----- 1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000 2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000 3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000 ! 4 N N3 M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 0.25600 ! 5 H1 H E 4 3 2 1.010 130.000 0.000 0.17040 ! 6 H2 H E 4 3 2 1.010 60.000 90.000 0.17040 ! 7 H3 H E 4 3 2 1.010 60.000 -90.000 0.17040 ! 8 CA CT M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.05810 ! 9 HA HP E 8 4 3 1.090 109.500 300.000 0.10470 ! 10 CB CT 3 8 4 3 1.525 111.100 60.000 0.04840 ! 11 HB2 HC E 10 8 4 1.090 109.500 300.000 0.05310 ! 12 HB3 HC E 10 8 4 1.090 109.500 60.000 0.05310 ! 13 CG CC S 10 8 4 1.510 115.000 180.000 -0.02360 ! 14 ND1 NA B 13 10 8 1.390 122.000 180.000 -0.15100 ! 15 HD1 H E 14 13 10 1.010 126.000 0.000 0.38210 ! 16 CE1 CR B 14 13 10 1.320 108.000 180.000 -0.00110 ! 17 HE1 H5 E 16 14 13 1.090 120.000 180.000 0.26450 ! 18 NE2 NA B 16 14 13 1.310 109.000 0.000 -0.17390 ! 19 HE2 H E 18 16 14 1.010 125.000 180.000 0.39210 ! 20 CD2 CW S 18 16 14 1.360 110.000 0.000 -0.14330 ! 21 HD2 H4 E 20 18 16 1.090 120.000 180.000 0.24950 ! 22 C C M 8 4 3 1.522 111.100 180.000 0.72140 ! 23 O O E 22 8 4 1.229 120.500 0.000 -0.60130 LOOP CG CD2 *************** *** 635,664 1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000 2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000 3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000 ! 4 N N3 M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.26300 ! 5 H1 H E 4 3 2 1.010 130.000 0.000 0.31200 ! 6 H2 H E 4 3 2 1.010 60.000 90.000 0.31200 ! 7 H3 H E 4 3 2 1.010 60.000 -90.000 0.31200 ! 8 CA CT M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.15100 ! 9 HA HP E 8 4 3 1.090 109.500 300.000 0.04800 ! 10 CB CT 3 8 4 3 1.525 111.100 60.000 -0.09800 ! 11 HB2 HC E 10 8 4 1.090 109.500 300.000 0.03800 ! 12 HB3 HC E 10 8 4 1.090 109.500 60.000 0.03800 ! 13 CG CT 3 10 8 4 1.525 109.470 180.000 -0.16000 ! 14 HG2 HC E 13 10 8 1.090 109.500 300.000 0.11600 ! 15 HG3 HC E 13 10 8 1.090 109.500 60.000 0.11600 ! 16 CD CT 3 13 10 8 1.525 109.470 180.000 -0.18000 ! 17 HD2 HC E 16 13 10 1.090 109.500 300.000 0.12200 ! 18 HD3 HC E 16 13 10 1.090 109.500 60.000 0.12200 ! 19 CE CT 3 16 13 10 1.525 109.470 180.000 -0.03800 ! 20 HE2 HP E 19 16 13 1.090 109.500 300.000 0.09800 ! 21 HE3 HP E 19 16 13 1.090 109.500 60.000 0.09800 ! 22 NZ N3 3 19 16 13 1.470 109.470 180.000 -0.13800 ! 23 HZ1 H E 22 19 16 1.010 109.470 60.000 0.29400 ! 24 HZ2 H E 22 19 16 1.010 109.470 180.000 0.29400 ! 25 HZ3 H E 22 19 16 1.010 109.470 300.000 0.29400 ! 26 C C M 8 4 3 1.522 111.100 180.000 0.61600 ! 27 O O E 26 8 4 1.229 120.500 0.000 -0.50400 IMPROPER CA +M C O --- 635,664 ----- 1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000 2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000 3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000 ! 4 N N3 M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 0.09660 ! 5 H1 H E 4 3 2 1.010 130.000 0.000 0.21650 ! 6 H2 H E 4 3 2 1.010 60.000 90.000 0.21650 ! 7 H3 H E 4 3 2 1.010 60.000 -90.000 0.21650 ! 8 CA CT M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 -0.00150 ! 9 HA HP E 8 4 3 1.090 109.500 300.000 0.11800 ! 10 CB CT 3 8 4 3 1.525 111.100 60.000 0.02120 ! 11 HB2 HC E 10 8 4 1.090 109.500 300.000 0.02830 ! 12 HB3 HC E 10 8 4 1.090 109.500 60.000 0.02830 ! 13 CG CT 3 10 8 4 1.525 109.470 180.000 -0.00480 ! 14 HG2 HC E 13 10 8 1.090 109.500 300.000 0.01210 ! 15 HG3 HC E 13 10 8 1.090 109.500 60.000 0.01210 ! 16 CD CT 3 13 10 8 1.525 109.470 180.000 -0.06080 ! 17 HD2 HC E 16 13 10 1.090 109.500 300.000 0.06330 ! 18 HD3 HC E 16 13 10 1.090 109.500 60.000 0.06330 ! 19 CE CT 3 16 13 10 1.525 109.470 180.000 -0.01810 ! 20 HE2 HP E 19 16 13 1.090 109.500 300.000 0.11710 ! 21 HE3 HP E 19 16 13 1.090 109.500 60.000 0.11710 ! 22 NZ N3 3 19 16 13 1.470 109.470 180.000 -0.37640 ! 23 HZ1 H E 22 19 16 1.010 109.470 60.000 0.33820 ! 24 HZ2 H E 22 19 16 1.010 109.470 180.000 0.33820 ! 25 HZ3 H E 22 19 16 1.010 109.470 300.000 0.33820 ! 26 C C M 8 4 3 1.522 111.100 180.000 0.72140 ! 27 O O E 26 8 4 1.229 120.500 0.000 -0.60130 IMPROPER CA +M C O ---------------------------------------------------------------------- Temporary workarounds: none. --